Η ανδρική υπογονιμότητα μπορεί να οφείλεται σε μεμονωμένα αίτια ή στη συνδυαστική δράση διαφόρων παραγόντων. Στις πιο συχνά ανευρισκόμενες αιτίες συμπεριλαμβάνονται οι εξής:

• Διαταραχές του σπέρματος όπως π.χ χαμηλός αριθμός, μειωμένη κινητικότητα ή ανώμαλη μορφολογία των σπερματοζωαρίων. Οι παραπάνω διαταραχές μπορούν να διαγνωστούν με το τυπικό σπερμοδιάγραμμα. Ωστόσο, προκειμένου να επιβεβαιωθούν τα ευρήματα ενδεχομένως να χρειαστεί επανάληψη της εξέτασης εντός συγκεκριμένου χρονικού διαστήματος. Ακόμη, μία πρόσφατη μέθοδος προσδιορισμού του ποσοστού κατακερματισμένου DNA του σπέρματος (DFI), φαίνεται ότι μπορεί να προσφέρει επιπλέον χρήσιμες πληροφορίες σχετικά με την ποιότητα των σπερματοζωαρίων.
• Κιρσοκήλη. Η κιρσοκήλη είναι μία σχετικά συχνή κατάσταση κατά την οποία παρατηρείται διάταση των φλεβών των όρχεων. Αν και δεν υπάρχει γενική συμφωνία, θεωρείται ότι μπορεί να έχει επίπτωση στην παραγωγή και την ποιότητα του σπέρματος. Ιδιαίτερα σε κιρσοκήλες μεγαλύτερου μεγέθους μπορεί να γίνει σύσταση για χειρουργική αποκατάσταση.
• Ορμονικές διαταραχές όπως π.χ επί υπογοναδισμού (όπου παρατηρούνται χαμηλά επίπεδα τεστοστερόνης) ή υπερπρολακτιναιμίας, μπορεί να έχουν ως αποτέλεσμα μειωμένη παραγωγή σπέρματος. 
• Χρωμοσωμικές ή γενετικές ανωμαλίες οι οποίες μπορεί να ευθύνονται για ανατομικά προβλήματα του γεννητικού συστήματος ή σοβαρές διαταραχές της παραγωγής ή της ποιότητας του σπέρματος. Χαρακτηριστικά παραδείγματα αποτελούν σύνδρομα όπως το Klinefelter, μικροελλείμματα του χρωμοσώματος Υ και οι μεταλλάξεις του γονιδίου CFTR οι οποίες ευθύνονται για την εμφάνιση κυστικής ίνωσης.
• Βλάβες στους όρχεις που μπορεί να προκληθούν από καταστάσεις όπως τραυματισμός, χειρουργική επέμβαση ή λοιμώξεις.
• Διαταραχές εκσπερμάτισης όπως π.χ η παλίνδρομη εκσπερμάτιση, κατάσταση κατά την οποία το σπέρμα κατευθύνεται προς την ουροδόχο κύστη αντί να απελευθερώνεται μέσω της ουρήθρας. Καταστάσεις που μπορεί να σχετίζονται με παλίνδρομη εκσπερμάτιση είναι ο αρρύθμιστος σακχαρώδης διαβήτης, χειρουργικές επεμβάσεις, νευρολογικές παθήσεις ή λήψη συγκεκριμένων φαρμάκων.
• Περιβαλλοντικοί παράγοντες όπως π.χ τοξικές ή χημικές ουσίες και η ακτινοβολία μπορεί να επηρεάσουν σημαντικά την παραγωγή και την ποιότητα του σπέρματος.
• Τρόπος ζωής. Παράγοντες όπως το κάπνισμα, η υπερβολική χρήση αλκοόλ, η χρήση ναρκωτικών, η καθιστική ζωή και η παχυσαρκία μπορεί να παίξουν σημαντικό ρόλο στην εμφάνισης ανδρικής υπογονιμότητας.
• Καταστάσεις έκθεσης των όρχεων σε υψηλή θερμοκρασία όπως π.χ τα ζεστά μπάνια, η σάουνα και τα στενά εσώρουχα.
• Ηλικία. Αν και δεν αποτελεί τόσο σημαντικό παράγοντα όσο στις γυναίκες, η μεγαλύτερη ηλικία του άνδρα μπορεί να σχετίζεται με μείωση της ποιότητας του σπέρματος και αύξηση του ρίσκου γενετικών ανωμαλιών στους απογόνους.
• Χρόνιο στρες. Ενδεχομένως να σχετίζεται με προβλήματα γονιμότητας πιθανόν μέσω πρόκλησης ανισορροπίας στην παραγωγή διαφόρων ορμονών.

Πρέπει να σημειωθεί πως η υπογονιμότητα αποτελεί ένα ιδιαιτέρως πολύπλοκο πρόβλημα, και πως σε πολλές περιπτώσεις μπορεί να ανευρεθεί παραπάνω από μία αιτία που να αφορά και τους δύο συντρόφους. Σε κάθε περίπτωση, η σωστή και λεπτομερής διερεύνηση σε συνδυασμό με ένα εξατομικευμένο πλάνο διαχείρισης αποτελεί τη βασική προϋπόθεση για την επιτυχή έκβαση της θεραπείας.